Armados con nuestro conocimiento general de cómo MINIX maneja los procesos y los archivos, ahora podemos comenzar a examinar la interfaz entre el sistema operativo y sus programas de aplicación, es decir, el conjunto de llamadas al sistema. Si bien esta explicación se refiere específicamente a posix (Norma Internacional 9945-1), y por tanto también a MINIX, casi todos los sistemas operativos modernos tienen llamadas al sistema que realizan las mismas funciones, aunque los detalles sean diferentes. Puesto que el mecanismo real de la emisión de una llamada al sistema depende mucho de la máquina, y a menudo debe expresarse en código de ensamblador, se proporciona una biblioteca de procedimientos que permite efectuar llamadas al sistema desde programas en C.

A fin de hacer más claro el mecanismo de las llamadas al sistema, examinemos brevemente READ (leer) Esta llamada tiene tres parámetros: el primero especifica el archivo, el segundo especifica el buffer, y el tercero especifica el número de bytes por leer. Una llamada de READ desde un programa en C podría verse así:

cuenta = read(file, buffer, nbytes);

La llamada al sistema (y el procedimiento de biblioteca) devuelve en cuenta el número de bytes que realmente se leyeron. Este valor normalmente es igual a nbytes, pero puede ser menor, si, por ejemplo, se llega al fin del archivo durante la lectura.

Si la llamada al sistema no puede ejecutarse, ya sea a causa de un parámetro no válido o de un error de disco, se asignará el valor — 1 a cuenta, y el número del error se colocará en una variable global, errno. Los programas siempre deben revisar los resultados de una llamada al sistema para ver si ocurrió un error. MINIX tiene un total de 53 llamadas al sistema

Las llamadas al sistema en MINIX se clasifican en:
* Administracion de Archivos
* Administracion de Procesos
* Administracion del Tiempo
* Señales
* Proteccion relacionada con usuarios y grupos